V posledních dnech starého roku hejtman Žižka doplnil své vojsko v Jičínském a Turnovském kraji a 6. ledna se objevil v Nebovidech nedaleko Kutné Hory. Vzhledem k tomu, že křižáci protiútok neočekávali a byli rozptýleni v širokém okolí, na účinnou obranu nemohli pomýšlet.Král Zikmund dal proto rozkaz k zapálení města a ústupu.Ačkoli se mohly demoralizované protivníkovy síly stát Žižkovou snadnou kořistí, první jeho snahou byla likvidace požáru v Kutné Hoře. Teprve po úspěšném zvládnutí tohoto úkolu vyrazil rychlým pochodem ve stopách křižáckého vojska a 8. ledna dostihl jeho zadní voj u městyse Habry.Pokus o soustředěný odpor, jenž patrně organizoval italský vojevůdce Filippo Scollari,však skončil panickým útěkem všech zúčastněných křižáků (bitva u Habrů). Tentokrát husité protivníka pronásledovali se značným důrazem a ještě téhož dne dorazili k branám zhruba 19 kilometrů vzdáleného Německého Brodu.Zde se křižáci patrně ještě jednou neúspěšně střetli s Žižkou v otevřené bitvě a další stovky jich zahynuly při útěku přes Sázavu.Bez ohledu na tuto tragickou epizodu kruciáty zůstala mezi hradbami města část velitelů, kteří byli odhodlaní alespoň dočasně udržet svou pozici, aby poskytli krytí králi Zikmundovi i prchajícím vojskům. Povel k útoku vydal Žižka o den později. Za oboustranně silné dělostřelby se husité pokusili zdolat opevnění, avšak obráncům se je podařilo odrážet až do podvečerních hodin. O další den později, tedy 10. ledna, zahájil Žižkův štáb s veliteli města vyjednávání o kapitulaci. V tu chvíli bylo patrně mezi oběma stranami vyhlášeno příměří, které však část husitů nerespektovala a bez vědomí slepého hejtmana vnikla do města. Během několika dalších hodin prý bylo touto skupinou zabito na tisíc pět set přítomných vojáků i místních obyvatel. Historik František Šmahel k události poznamenal, že útok na pobořené hradby Německého Brodu byl porušením válečné konvence a stal se proti vůli Jana Žižky, jenž, podle jednoho ze svých listů, v tomto činu ještě po roce spatřoval úhonu na vlastní cti.

Zapálení Kutné Hory a útěk Vojáků Zikmundových

Staré letopisy české dále zmiňují, že následující den „v neděli před oktávem Zjevení Páně (11. ledna) se bratr Jan Žižka stal rytířem.“O tom jakým způsobem se Žižka zapojil do revolučního dění krátce po dobytí Německého Brodu prameny opět mlčí. Následující zmínka o jeho aktivitách se datuje nejspíš do poloviny dubna, kdy sváděl boje s plzeňským landfrýdem.V té době dorazil na Moravu litevský kníže Zikmund Korybutovič,o kterého Čechové velmi usilovali, aby vládl české zemi proti Zikmundovi, králi uherskému. 

Ze starých letopisů českých

„A z Moravy psal listy vojsku proti Žižkovi, aby neničil a neplenil zemi. A Žižka mu na ty jeho listy odpověděl sám od sebe velmi tvrdě a psal to, co si myslel; nazýval ho vražedným knížetem a prokletým paličem, až se tomu kníže podivil. Protože však kníže věděl, že Žižka je vítězný a nepřemožitelný v bojích a válečné štěstí je na jeho straně, musel to snést. Když se spolu potom seznámili, spřátelili se; kníže říkal Žižkovi „otče“ a Žižka knížeti „pane synu“

Zikmund Korybutovič zanedlouho dorazil do Čech, kde přijal titul zemského správce. 11. června Žižka a táborští písemně potvrdili pražanům, že litevského knížete v úřadu správce akceptují. Budoucnost však ukázala, že jejich slib pomoci a poslušenství nebyl přímo dodržen,neboť za dosud ne zcela jasných okolností došlo k roztržce mezi Prahou a Táborem (tedy Zikmundem Korybutem a Žižkou), v jejíž první fázi se oddíl Táborů pod velením Jana Hvězdy z Vícemilic (známého pod přezdívkou Bzdinka) a Bohuslava ze Švamberka pokusil zmocnit české metropole (30. září). Z historických análů není zcela zřejmé zda s tichým souhlasem či proti vůli Jana Žižky.Toho léta a podzimu slepý táborský hejtman pokračoval v bojích na jihu Čech a osobně řídil obléhání Bechyně a Strakonic a řady dalších opevněných sídel převážně na panství Oldřicha z Rožmberka.