Situace obránců v Plzni se zhoršovala a tak na konci března Žižka,Břeněk ze Švihova a Valkoun z Adlaru,společně se 400 pěšími,12 vozy a 9 jezdci Plzeň opustili.Jeho cesta vedla do vznikajícího Hradiště na hoře Tábor. Cestou na Tábor však byl houf husitů dostižen nedaleko Sudoměře 25.března 1420 a napaden cca 2000 obrněnými jezdci (bitva u Sudoměře).Žižka nechal opět srazit  vozy v hradbu a skvěle využil terén.Hradbu postavil mezi rybníky Markovec  a Škaredý,ten byl vypuštěný.Protivníky odrazil a pokračoval v cestě na Tábor.Na památku vítězství byl na bojišti v roce 1925 postaven 16 metrů vysoký pomník Jana Žižky,jehož autorem je sochař Emanuel J.Kodet.

pomník u Sudoměře

Jeho příhodem se sjednotilo husitské hnutí v jihočeském Táboře.Jako nejvyší představitelé zde byli zvoleni čtyři hejtmani.První místo zaujal Mikuláš z Husi.Dalšími byli Zbyněk z Buchova,Chval z Řepice a Jan Žižka.Ten byl s největší pravděpodobností určen jako vojenský velitel.Začal cvičit armádu a už 5.dubna přepadl podhradí tvrze u Mladé Vožice (bitva u Mladé Vožice ) V boji zabil mnoho železných pánů a získal velkou kořist.Zlato,zbraně a koně  ze kterých vybudoval husitskou jízdu.Kronikář Vavřinec z Březové popisuje úspěchy,které husiti pod velením jednookého hejtmana během několika málo dnů dosáhli takto : Žižka byl „...nadmíru odvážný a statečný. Jeho řízením se hotovilo všechno vojsko a za ním šli všichni sedláci, třebas bez zbroje, jenom s cepy, palicemi, samostříly a sudlicemi a velmi ochotně ho poslouchali".

Na žádost Zikmunda Lucemburského,vydal 1.března 1420 papež Martin V. bulu,kterou vyhlásil proti kacířským Čechům křížovou výpravu.Křižácké vojsko brzo vpadlo do Čech a 3.května bez odporu obsadilo Hradec Králové a v polovině téhož měsíce pak Kutnou horu, kde probíhaly přípravy k tažení na Prahu.Ohrožení pražané se snažili vést se Zikmundem jednání o kompromisu.Podmínky "lišky ryšavé"  ale pro pražany byly nepřijatelné a tak požádali o pomoc Tábor.Vojsko táborů vyrazilo na cestu 18.května a už za dva dny byli vítáni pražany u městských bran.Cestou vypálili Benešov a museli se probít z obklíčení.Ke střetnutí  českých katolických pánů a oddílů křižáckého vojska s táborským vojskem došlo z noci 19. na 20.května u Poříčí nad Sázavou (bitva u Poříčí nad Sázavou).Těmto vojenským operacím pravděpodobně velel Jan Žižka.Jeho jméno je ale zmiňováno až když Zikmund se připravoval zahájit bitvu a obsadit vrch Vítkov.Ve své kronice Vavřinec z Březové píše:

Předvídaje to Jan Žižka,hejtman táborský,dal bez odkladu hned na svrchujmenované hoře postaviti dva sruby na způsob jizeb a kázal je okopati maličkým příkopem a obehnati zdí z hlíny a z kamení.A skrze ten srub podivuhorně dal všemohoucí Pán zachránění Pražskému městu ...

bitva na Vítkově 14.července 1420

Bitva na Vítkově se udála 14.července 1420 a Žižka tu málem přišel o život (bitva na Vítkově).Vavřinec o tom píše: „i Žižka přišed tam byl by sám zabit, kdyby ho nebyli jeho lidé cepy vyrvali z rukou nepřátel" Druhý den po husitském vítězství pak prý „hejtman Žižka, svolav z Prahy množství žen, dívek a lidu světského, velmi silně ohradil tvrz častěji jmenovanou četnými většími a hlubšími příkopy, zdmi a četnými dřevěnými sruby, jak to lze vskutku vidět. A tak tomu vrchu a místu někteří dali jméno „Žižkov“ podle jména zakladatelova.

Po rozpadu křížové výpravy a ústupu jejích účastníků z okolí Prahy, získalo Žižkovo jméno, doposud spíš jen pověstné, více věhlasu i autority.Dochované prameny nehovoří o tom jakou úlohu trocnovský zeman sehrál v následných neshodách Tábora s Prahou či jaká byla jeho účast na očistné kampani, jež zahrnovala ničení klášterů v okolí české metropole a pobíjení místních kněží a mnichů. Jeho jméno je zmiňováno teprve počátkem srpna, kdy jménem Táborů připojil svou pečeť k plné moci husitů, kteří vyslali poselstvo do Polska, s cílem prozkoumat půdu, lze-li nabídnout českou korunu jeho panovníkovi.  22. srpna opustil Prahu a zamířil do Jižních Čech, kde působil značné ztráty jak na světských statcích, tak duchovních, zvláště na panství pána z Rožmberka.Při tomto výpadu osobně velel dobytí města Vodňany, společně s Oldřichem Vavákem z Hradce získal Lomnici nad Lužnicí,zdevastoval Novou Bystřici a uštědřil pánům z plzeňského kraje v čele s Oldřichem z Rožmberka porážku v bitvě u Panského Boru (bitva u Panského Boru).12. listopadu pak dobyl Prachatice, přičemž povraždil všechny muže a ženy s dětmi dal vyhnat z města. 18. listopadu uzavřel v Písku smlouvu o příměří s Oldřichem z Rožmberka, čímž ukončil první fázi táborské podzimní ofenzívy.Zanedlouho se Žižkovo vojsko vydalo směrem k Praze. U hradu v Říčanech se spojilo s ostatními táborskými a vyčkalo kapitulace pevnosti (4. prosince). Když posádka otevřela brány, nechal Žižka z hradu vyvést devět kněží a nařídil svým práčatům, aby je spolu s dalšími dvěma dříve zajatými duchovními upálily.